天主教近千年的政教合一的实践证明，政教合一的体制与信仰无益，反而有害于信仰。

主张政教分离，是新教的一个特色，新教在本质上都是主政教合一的，因为这是它基本教义所导致的必然结论。路德阐述了政教分离的教理和《圣经》依据之后，众多的新教教派在因信成义的教义基础之上以及对天主教的政教合一的传统的反省基础之上，主张政教分离。

路德之后在德国兴起的敬虔主义运动，是对以后的新教造成很大影响宗教运动，现在的北美的大多数新教教派都很大程度地受了敬虔主义的影响。比如在北美具有众多教友的圣公会、长老会、浸道会、卫理宗等等，都吸收了敬虔主义的教义，一些大的教会支派直接就是敬虔主义的分支，如圣洁会、五旬节派、灵恩派、拿撒勒派、灵召会等等。敬虔主义的一个很大的特色就是主张彻底的政教分离，该教派的创始人之一施本尔把政教合一称为凯撒教宗主义，认为是天主教的恶劣传统。另一位创始人亲岑道夫主张，国家不能强制宗教信念或习俗，良心具有完全的自由，政府与教会应该完全独立。

新教的再洗礼派是激进的政教分离和信教自由的主张者。再洗礼派现在在北美也很有影响，它的一些主张现在在新教界都成了理所当然的见解，如成人洗礼、反对教会内的迫害异端的做法等等，门诺派教会直接是他的延续。再洗礼派把政教合一称为君士坦丁主义，认为任何教会与政府的官方关系是不合法的，因为耶稣和使徒从头到尾都没有认可这种关系。

此外，灵修派、以及现在仍有较大影响的一位神论等，都对政教分离的原则做过阐述。

西方世界自天主教确立起绝对的统治以来，信仰被天主教所钳制，社会上没有什么宗教和信仰自由。在天主教统治的末期，由于新教对政教分离和信仰自由的原则的理解和信奉，信仰自由的局面在新教国家瑞士首先出现。

瑞士日内瓦在宗教改革时期是一个独立的城市，城市政府的领导人迎接当时的新教思想家卡尔文来日内瓦帮助完成宗教改革，于是卡尔文成了日内瓦的牧师。由于卡尔文教义的严谨无懈可击的说服力，以及政府部门对卡尔文的近似崇拜程度的信仰，卡尔文对日内瓦的政治经济和社会生活产生了巨大的影响，使得日内瓦成了严格履行卡尔文教义的城市国家，卡尔文的教义在日内瓦得到彻底的普及，并通过日内瓦对欧洲产生了巨大影响，日内瓦因此成为宗教改革的中心。

卡尔文的严厉的个性、对自身教义的几乎偏执的自信、以及政界人士对卡尔文的信赖，使得日内瓦的政权近乎称为卡尔文的奴仆。卡尔文的教义也严厉地约束了日内瓦人民的世俗生活，这让当时及后世的新教教派指责卡尔文建立了一个政教合一的政权。实际上，这是在革命中不可避免地出现的对精神领袖的狂信和崇拜所导致的局面，卡尔文终生没有担任日内瓦的任何政府职务，一直是教会的牧师，政府官员也没有被允许担任教职，在体制上，政权与教权是分开的，不像天主教的政教合一，国教的最高领袖往往直接就是政治领袖。

卡尔文死后，日内瓦再没出现像卡尔文这样具有强烈个人影响力的精神领袖，于是，由于新教思想的普及和深入人心，由于新教中固有政教分离的教义，日内瓦无可遏制地形成了在天主教以来欧洲首次看到的宗教宽容的局面，成为全欧洲信仰环境最为自由的地区，也成为欧洲的宗教迫害的避难所，众多的人为躲避宗教迫害而躲到日内瓦来，包括在欧洲鼓吹唯物主义而受到通缉的著名思想家伏尔泰，伏尔泰的唯物主义在当时被所有基督教教派视为敌人，不论是天主教还是新教都把将它视为魔鬼，但在日内瓦，伏尔泰受到了日内瓦新教政权的庇护。

著名奥地利作家茨威格说：“那些在别处因为不同的思想不同的信仰而饱受迫害的人们，最后，都在卡尔文主义统治的地区找到了庇护所”。

茨威格实际上是厌恶新教而同情天主教的，但他对日内瓦国家的宗教自由局面的描写却很客观。

以后，随着卡尔文主义在欧洲的扩展，欧洲爆发了多次卡尔文宗与天主教之间的战争，最为著名的是三十年宗教战争。战争之后，在天主教无法消灭新教的情况下，欧洲逐渐开始了普及政教分离制度的过程。

美国的政教分离的原则和信仰自由的原则，来源于新教教徒的这种宗教信念。

作为新教徒创立的国家，在美国，主要的基督教教派都主张政教分离，除了沿袭了英国国教传统的圣公会以外，几大在殖民地有影响的教派如公理会、浸信会、卫理公会、再洗礼派等，都是政教分离的支持者。

美国的建国者们在制定宪法草案时规定：“国会不会制定出一种推崇某种宗教或禁止信仰自由的法律”。在正式的宪法中也导入了正教分离的原则，这正是新教政教分离和信仰自由理念的政治实践。世俗历史学家贝雷（Thomas Bailey）看到了新教的信仰自由思想对美国宪法的影响，因此，在其关于美国建国史的巨著中，称马丁路德是“美利坚非直接的建国之父”。美国的社会学家施密特说，“建国者们确立政教分离的原则，不是因为在他们眼里宗教不重要，而是太重要了”。

现在，政教分离已经成为美国政治生活的一个基本原则和社会生活的一个习俗。除了福音派中的一些右派团体之外，一般美国人都能对政教分离的必要和原委有相当程度的理解。在前面的论述中，由于涉及到宗教教义，可能对一些读者来说比较难懂，如果除去难解的宗教教义，把美国人对政教分离和信仰自由的理解作一个通俗的描述，那么，可以描述成这样：

由于新教使得美国人把信仰看成完全是上帝对个人的恩赐，因此，信仰在美国人看来也就是与政府无关的事情，是任何一个人或者团体都不能干涉的事情。政府在美国人看来，仅仅是人民雇来管理公共事务的公务机构，负责国防、治安、卫生等公务，也就是负责处理好人民世俗生活中的公务部分。如果这个公务机构还强迫百姓来信仰某个宗教或干涉百姓的信仰，那么，就是超越自己的职权范围并且在干涉公民信仰生活了。

这种感觉如果用中国人熟悉的词语来打个比方，就是，在美国人眼里，美国这个国家，相当于一个大的社区，人民是住在这里的业主，政府则是人民也就是业主雇佣来的物业公司。物业公司也就是政府主要负责修理和维护设施、打扫垃圾、保护社区安全等工作，信仰则是上帝赐给业主个人的恩赐，是居民个人与上帝之间的个人的沟通，因此，与这个物业公司毫无关系。假如这个物业公司还强迫或诱导业主来信仰某个宗教，如物业老板所信的某个教或某大法大功之类，那么，这个物业公司就是超越自己的工作范围行为荒诞而且不伦不类了。

这就是美国人对政教分离和信仰自由的感觉，也其实是政教分离和信仰自由的原则的本质。这种感觉在美国人身上已经内化为一种常识，内化为一种天经地义的道理，但如前所述，获得这种感觉和明白这个道理，则牵涉到长期的宗教教理之争和政治制度之争，花费了近千年工夫。

但是，需要说明的是，美国有一些右派团体主张一定程度的政教合一，甚至有的主张建立新教的神权政治，这些团体都在正统的新教教义之外，信仰一些争议较大的非正统的神学思想，如统治神学和千禧年主义的思想等等。这些神学思想都主张通过基督徒的努力把世界建设成基督教社会，因此，信奉这些神学思想的团体就自觉或不自觉地主张政教合一。这些右派团体有时会产生较大的影响，这种影响有时是通过基督教信仰强烈的总统及政府产生的，有时是作为一种强势的社会运动而产生的。比如，现在的小布什政府就很有些神权政治的色彩，“统治神学”的思想在起着作用。但是，无论这些团体怎么有影响，都无法改变美国宪法对政教分离的规定，无法改变美国人对政教分离原则的确信。

政教分离的原则起源于新教的宗教理念，没有经过新教的洗礼而接受现代政教分离政治制度的国家，往往把握不住这种感觉，要么有时政治家将信仰作为一种时髦来显摆，要么就冒犯政教分离原则而做出教化政治的举措。比如，日本的一些领导人，估计就没有理解政教分离的意义和本质，常常以公务身份如总理大臣等身份参拜靖国神社，并在国际场合解释这种行为的时候说“这是我个人精神上事情”，这听起来就有些滑稽，自相矛盾。如果以个人身份，那确实是个人问题，但因此就不应该以公职身份参拜。如果以公职身份参拜，就不是个人问题了，而是一种公务行为，是代表着这政府，这就违背了政教分离的原则，也就不是个人的精神的问题了。近来日本宪法又要允许政治家以公职参与一定的宗教活动，那就显得更缺乏对近代国家基本原则的理解，也就相当于让物业公司的人员在小区内以物业公司的名义从事宗教活动，那物业公司也就脱离了它的服务性和公务性本质，脱离了它的原来的宗旨，这将给日本国家的民主政治带来无穷后患。

政教分离和信仰自由的原则作为现代开明国家的立法原则一旦被确立，出人预料地表现出了它的现实的世俗功效，给政府带来了现实的巨大好处，这个好处就是：政府因此得以专心致志地处理世俗事务，致力于社会管理和服务水平的提高，而不必卷入宗教的教义之争；或者因为偏袒某教派而导致国家在政治上和国土上的分裂。

这个好处体现在大英帝国身上，让世人一揽无遗。大英帝国作为新教国家，在殖民地国家执行了政教分离的政策，承认殖民地国家百姓的信仰自由，没有以政权强制力的方式去改变阿拉伯世界的伊斯兰教，也没有以政府强制力的方式让印度成为基督教国，因此，大英帝国不曾面临来自宗教上的反叛或其他压力烦恼，从而长期地维持了从北美洲到亚洲、再到阿拉伯半岛的广袤的日不落帝国。

政教分离和信仰自由的原则的这些现实功效，政治家们有目共睹，于是它们在近代开明国家之间迅速地普及开来，据此之故，世俗派学者认为这两个原则起源于近代政治的现代化和世俗化，是实现了政治的现代化并且和社会世俗化的国家的立法表现。但其实，如上所述，其真正的起源还是基督教宗教变革，反映的是宗教改革中产生的基督新教的理念，及其“因信称义”的教义。

我们现代人的很多生活习俗和信念，其实都起源于基督教，只是现在大多数人都生活在世俗化国家里而没有意识到罢了。欧洲社会自罗马帝国时代开始，受基督教统治达数千年，基督教的理念深深地印入了人们的日常生活中，形成了人们的生活习惯和理念，许多生活习惯和理念都与基督教有渊源关系。基督教的这些习惯和理念又伴随着欧洲文明在近代的向全世界的扩张而掺入到全世界，成为人日常的理念和习俗。比如，现行的公历历法众所周知就是基督教历法，周休日也起源于基督度的礼拜制度，一夫一妻制起源于基督教教会对神职人员的要求等等。

世俗化国家的研究者出于其方法论的偏见，不愿承认许多对人类产生重大影响的思想社会制度等起源于基督教的事实，喜欢从世俗的现象中找到其根源。其实，作为曾经统治西方社会各个方面达近千年的思想和制度，基督教给西方社会和历史打上深深的痕迹一点也不奇怪。即便是反基督的思想也摆脱不了基督教的痕迹，比如马克思的著作里就有大量的基督教术语。从下面的论述中，我们还可以看到，不仅是政教分离信仰自由等制度起源于基督教，其实现代资本主义的生产方式也被学者认为是起源于基督教改革，民主自由人权等等思想和制度也起源于基督新教的思想。