在前作《半条命》中，玩家是黑山研究所聘用的理论物理学家戈登·弗里曼，因为在实验中引发“串连共振”（Resonance Cascade），将地球与一外星星球Xen作链接，使得许多外星生物入侵研究所，最后黑山被摧毁，是谓“黑山事件”。游戏最后，弗里曼接受神秘男子G-Man的聘雇，因而沉睡了数年。

在本作中，时间设置在黑山事件后数年，弗里曼被G-Man唤醒，发现自己身处一班前往17号城的火车上。

本作场景中将出现:东欧风格的17号城、充斥着僵尸的莱温霍姆、联合军重地诺瓦矿场以及高耸入云的联合军城塔

黑山事件数年之后，虽然Xen的侵略攻势在弗里曼消灭尼赫伦斯之后逐渐缓和了下来，但是之后却出现了新的威胁─联合军的生化高科技开始侵略地球。没有人知道这些军队是从哪里来的，不过这场被称为七小时战争的战役仅仅经过了七个小时就结束了。武力科技相差悬殊的人类被联合军攻得节节败退，最后前黑山总管华莱士·布林擅自代表人类的代表投降于联合军，全人类开始受到了联合军的高压统治。为了能够方便管制并且欺凌人类，联合军将人类改造成“潜行者”（Stalker）以便成为在地球建造联合军基地时可以随意指派的工人，联合军开始将人类都集中在17号城以便利用。然而人类并没有放弃反攻的希望，他们合同弗地岗人在暗地里进行武装的抗争行动，并且希望有朝一日可以推翻联合军的暴政。

被暂时封在异次元的戈登·弗里曼被G-Man以不明的理由再度被传送到人类世界─17号城火车站的列车上，戈登遇到了他以前在黑山的同事─巴尼·卡洪，并且跟同是旧识的艾萨克·克莱纳博士取得了联系。但是在到克莱纳的实验室的途中遇到了联合军的住所扫荡，就在被包围差点惨遭逮补之时，爱丽克斯·凡斯及时解危，并且安全的将戈登送往克莱纳的秘密实验室。

戈登出现之日正逢克莱纳跟伊莱展开迷你传送器第一次的启动实验。为了顺便将戈登及爱丽克斯一起送到伊莱·凡斯所在的黑山研究所东站，戈登穿上第五代H.E.V.工作服，跟克莱纳及巴尼一起进行迷你传送器的启动实验。成功的将爱丽克斯传送到了黑山研究所东站，但是正当克莱纳和巴尼要将戈登传送到黑山研究所东站时，克莱纳的宠物拉玛却突然出现并且干扰了迷你传送器的运作。发生异常的迷你传送器开始将戈登传送到了各个陌生的地方，甚至包括了城塔的总管办公室，在办公室的布林看到了戈登马上通报联合军。戈登在被传送到克莱纳的实验室的外面之后克莱纳及时将迷你传送器的运作停止，总算是解除了一个危机了，不过另外一个更大的危机也随之而来。

联合军已经知道戈登还活着并且已经来到了17号城，对于黑山事件熟知的联合军知道戈登对他们而言是一个相当大的威胁，遂派遣联合军警察展开对戈登的捕杀行动。现在戈登又必须要再一次的面临战斗，而且将会是比以前还要更艰难、更漫长，而且关系到全人类存亡的战斗。