1.叶退化或细小，远不如茎那样发达，鳞片形、钻形或披针形，不分裂；孢子囊生于枝顶的孢子叶球内（小叶型蕨类）。
2.茎细长，直立，中空，有明显的节，无真正的叶，单茎或在节上具轮生枝，节间表面有纵沟脊，各节为轮生的管状而有锯齿的鞘所围绕；孢子囊多数，生于盾状鳞片形能育叶的下面，在枝顶上形成单独的椭圆形孢子叶球（楔叶亚门Sphenophytina）……………………………………木贼科Equisetaceae
2.植物体完全不同上述，孢子囊生于能育叶的腋间（石松亚门Lycophytina）。
3.茎有腹背之分，常有根托（不定根）；叶通常为鳞片形，二型，腹背各二列生（即4行排列），扁平，或少为钻形，同型，螺旋状排列；叶基部有一小舌状体（叶舌）；孢子囊及孢子二型………………
……………………………………………………………………………………卷柏科Selaginellaceae
3.茎为辐射对称，无根托；叶同型，少有二型，钻形或披针形，螺旋状排列，或少为鳞片形，交互对生，扁平；腹叶基部不具叶舌；孢子囊及孢子同型……………………………石松科Lycopodiaceae
1.叶远较茎发达，单叶或复叶；孢子囊生于正常叶的下面或边缘，聚生成圆形、椭圆形或线形的孢子囊群或孢子囊穗，或满布于叶片下面（大叶型蕨类，真蕨亚门Filicophytina）。
4.孢子囊壁厚，由多层细胞组成（厚囊蕨纲Eusporangiopsida）。
5.单叶，叶脉网状；孢子囊序为单穗状；孢子囊大，扁圆球形，陷入于囊托两侧………………………
………………………………………………………………………………瓶尔小草科Ophioglossaceae
5.复叶，一至三回羽状分裂，叶脉分离；孢子囊序为圆锥状；孢子囊小，圆球形，不陷入囊托内……
……………………………………………………………………………………阴地蕨科Botrychiaceae
4.孢子囊壁薄，由一层细胞组成。
6.孢子囊圆球形，环带极不发育，只有几个厚壁细胞生于顶端附近，并自顶端向下纵裂；植物体不具真正的毛和鳞片，只是粘质腺状绒毛，不久消失；叶为强度二型；孢子囊不形成定形的囊群，而是生于无叶绿素的强度变质的能育叶的羽片边缘，形成穗状孢子囊序；孢子同型，有两极口，能两极发芽(原始薄囊蕨纲Protoleptosporangiopsida)…………………………………紫萁科Osmundaceae
6.孢子囊为多种形状，环带发育完全；孢子囊生于正常叶的下面或边缘，或生于特化为不具叶绿素的能育叶或能育羽片的下面（薄囊蕨纲Leptosporangiopsida）。
7.孢子同型；陆生或附生，少为湿地生；植物体形如一般蕨类，通常为中型或大型草本（同型孢子蕨类Filices homosporae）
8.植物全体无鳞片，也无真正的毛，幼时仅有粘质腺状绒毛或腺毛，不久消失；叶柄基部两侧膨大为托叶状，各具1行或少数疣状突起的气囊体（往往上升至叶柄及叶轴），横断面为三角形或四方形……………………………………………………………………瘤足蕨科Plagiogyriaceae
8.植物体通常多少具有鳞片（特别在叶柄基部或根状茎上）或真正的毛（特别在叶片两面及羽轴或主脉上面），有时鳞片上也有刚毛。
9.叶强度二型，不育叶为一回羽状复叶，能育叶的羽片在羽轴两侧内卷成圆筒形或聚合成分离的圆球形……………………………………………………………………球子蕨科Onocleaceae
9.叶一型或二型，如为二型，则能育叶（或羽片）比不育叶（或羽片）仅为不同程度的狭缩，从不为上述的内卷或聚合。
10.孢子囊群（或囊托）突出于叶边之外。
11.缠绕攀缘植物，有无限生长的叶轴；叶由多层细胞组成，有气孔；孢子囊椭圆形，横生于短囊柄上，具有横绕顶端的环带，2列并生成短囊穗…………海金沙科Lygodiaceae
11.不为缠绕攀缘植物（稀为攀缘状），不具无限生长的叶轴；叶一般由1层细胞组成，无气孔；孢子囊近球形，无柄，具有斜生环带，生于柱状而往往突出于叶缘外的囊托上，包于管状、喇叭状或两唇瓣形的囊苞内…………………………膜蕨科Hymenophyllaceae
10.孢子囊群生于叶缘、缘内或叶下面，从不如上述那样突出于缘外。
12.植株具有特化为槲叶状的腐殖质积聚叶或叶片基部扩大成阔耳形以积聚腐殖质；正常叶一回深羽裂或羽状，往往在羽柄或主脉的腋间有腺体；孢子囊群生脉叉处或两脉之间…
……………………………………………………………………………槲蕨科Drynariaceae
12.植株不具上述的腐殖质积聚叶或积聚腐殖质的叶片基部。
13.孢子囊群生于叶缘，具囊群盖，自叶边向内或向外开，罕为无盖。
14.囊群盖薄膜质，由叶边变成，向叶背反折，掩盖孢子囊群，因而向内开（开向主脉）。
15.孢子囊生于反折囊群盖下面的小脉上（稀生于脉间的薄壁组织上）；羽片或小羽片为对开式或扇形，叶脉为扇形多回二叉分枝……………铁线蕨科Adiantaceae
15.孢子囊生于叶缘的连结脉或小脉上，反折囊群盖不具小脉；羽片或小羽片不为对开式或扇形，叶脉不为扇形二叉分枝。
16.孢子囊群生于小脉的顶端，幼时为圆形而分离的孢子囊群，成熟时往往彼此连接而成线形；囊群盖连续不断或往往有不同程度的断裂，有时无盖；叶柄和叶轴一般为栗色或深褐色………………………………中国蕨科Sinopteridaceae
16.孢子囊群沿叶缘生于连结小脉的总脉上，形成1条汇合囊群；囊群盖连续不断；叶柄常为淡色。
17.根状茎短而直立或少有长而横生，被鳞片；叶片通常无毛；囊群盖仅有1层
……………………………………………………………凤尾蕨科Pteridaceae
17.根状茎长而横走，密被锈黄色茸毛；叶片多少被柔毛；囊群盖有内外两层
…………………………………………………………………蕨科Pteridiaceae
14.囊群盖不为薄膜质，自叶缘内生出，不向叶背反折而开向叶边（向外开）。
18.通常为附生，有阔鳞片；叶柄基部(有时羽片)有关节……骨碎补科Davalliaceae
18.通常为土生，被灰白色针状刚毛或红棕色的毛状钻形的简单鳞片；叶柄及羽片均无关节。
19.植株仅根状茎上被毛状的简单钻形鳞片，其余光滑；孢子囊群长形或少为圆形，常汇合为汇生囊群，囊群盖为长形，在叶边以下横生，或少为杯形，通常连结多数小脉的顶端；小羽片为半开式或扇形，小脉二叉分枝，罕为稀疏网状……
……………………………………………………………鳞始蕨科Lindsaeaceae
19.植株全体被灰白色针状刚毛；孢子囊群圆形，从不汇合；小羽片不为半开式或扇形，小脉羽状分枝（单轴式）；囊群盖生于叶缘内（至少内瓣），位于小脉顶端并开向叶边，碗形或杯形…………………………碗蕨科Dennstaedtiaceae
13.孢子囊群生于叶背，远离叶边，如有囊群盖，则不同上述的形状，并不自叶边向外或向内开。
20.孢子囊群圆形、椭圆形或线形，彼此分离，偶有汇合；叶一型，无不育叶和能育叶之分。
21.孢子囊群圆形。
22.孢子囊群有盖。
23.囊群盖下位（即生于孢子囊群的下面，幼时往往包着孢子囊群全部），球形、半球形或为碟形（或有时简化，细裂为睫毛状）。
24.温带小型草本；叶狭小，披针形，一回羽状复叶至二回羽裂，叶柄中部或顶端往往有关节（如无关节则遍体有毛）；囊群盖膜质，碗形、杯形或细裂为睫毛状的碟形；囊托从不凸出………………………岩蕨科Woodsiaceae
24.亚热带中型草本；叶阔卵形，三至四回羽状复叶，叶柄无关节；囊群盖为革质圆球形或膜质半球形；囊托略隆起……………柄盖蕨科Peranemaceae
23.囊群盖上位（即盖于孢子囊群的上面），圆肾形、盾形或少为鳞片状，基部有时略为压在成熟的孢子囊群之下（如冷蕨属Cystopteris）。
25.囊群盖为鳞片状，基部略为压在成熟的孢子囊群之下……………………
………………………………蹄盖蕨科Athyriaceae(冷蕨属Cystopteris)
25.囊群盖为圆肾形或盾形。
26.一回羽状复叶；羽片以关节着生于叶轴；叶脉分离；孢子囊群生于小脉顶端；囊群盖肾形……………………肾蕨科Nephrolepidaceae（栽培）
26.一至多回羽状复叶或单叶一回羽裂；羽片不以关节着生于叶轴；叶脉分离或为网状。
27.植物体（尤其是羽轴上面）有淡灰色的针状刚毛，有时叶柄基部的鳞片上也有同样的毛；叶柄基部横断面有扁阔的维管束两条。
28.叶柄基部不膨大，鳞片不为红棕色……金星蕨科Thelypteridaceae
28.叶柄基部膨大成纺锤形，隐没于1簇垫状的红棕色鳞片中………
……………………………………………肿足蕨科Hypodematiaceae
27.植物体（至少在根状茎上）有阔鳞片，无上述的针状毛；叶柄基部横断面有小圆形的维管束多条。
29.叶质厚，纸质至革质，干后灰棕色，分裂度较粗；叶脉分离（贯众属Cyrtomium为网状，但不具内藏小脉），羽片的主脉上面凹入（有纵沟），光滑无毛；小脉顶端常有膨大的水囊………………………
……………………………………………鳞毛蕨科Dryopteridaceae
29.叶质薄，草质至纸质，干后褐绿色或黑色，分裂度较细；叶脉较多连结，羽片的主脉上面多少隆起（圆形），通常有多细胞的棕色腊肠状软毛密生；小脉顶端常无膨大的水囊……三叉蕨科Aspidiaceae
22.孢子囊群无盖。
30.叶为一至多回的等位二叉分歧，下面通常灰白色；分叉处的腋间有一休眠芽；孢子囊群由少数（2—15个）孢子囊组成；孢子囊的环带水平横绕腰部，从侧面纵裂………………………………………………里白科Gleicheniaceae
30.叶为单叶或羽状复叶，少为扇形分裂，下面不为灰白色；孢子囊群由多数孢子囊组成；孢子囊有直立或斜生的环带，由侧面横裂。
31.叶柄基部以关节着生于根状茎上；单叶，全缘，或为一回羽状复叶，有星状毛或孢子囊，或孢子囊群幼时为有长柄的盾状隔丝覆盖…………………
………………………………………………………水龙骨科Polypodiaceae
31.叶柄基部无关节。
32.植物遍体或至少各回羽轴上有灰白色的针状刚毛，刚毛为单细胞（偶为多细胞）；根状茎和叶柄基部多少有鳞片；孢子囊群生于小脉的背部，有真正的囊群盖或为无盖……………………金星蕨科Thelypteridaceae
32.植物体不具灰白色的针状刚毛或有棕色腊肠状的多细胞柔毛。
33.叶片上面或至少在各回隆起的小羽轴上面有棕色腊肠状的节状柔毛密生………………………………………………三叉蕨科Aspidiaceae
33.叶片无腊肠状柔毛或至多有腺毛；羽轴上面凹陷，其纵沟与叶轴的互通；叶为一至多回羽状复叶；叶脉分离或偶有连结，但无内藏小脉…
……………………………………………………蹄盖蕨科Athyriaceae
21.孢子囊群长形或线形。
34.孢子囊群有盖，半月形、线形、或上端为钩形或马蹄形。
35.孢子囊群生于主脉两侧的狭长网眼内，贴近主脉并与之平行；囊群盖开向主脉；叶柄基部横断面有小圆形维管束多条形成1个圆圈………………………
……………………………………………………………乌毛蕨科Blechnaceae
35.孢子囊群生于主脉两侧的斜出分离脉上（少有在多角形网眼内）并与之斜交；囊群盖斜开向主脉；叶柄基部横断面有扁阔维管束两条。
36.鳞片为粗筛孔形，网眼大而透明；叶柄内有维管束两条，向叶轴上部联合为X形；囊群盖为长形或线形，常单独生于小脉向轴的一侧，少有生于离轴的一侧……………………………………………铁角蕨科Aspleniaceae
36.鳞片为细筛孔形，网眼狭小而不透明；叶柄内有维管束两条，向叶轴上部融合成U形；囊群盖生于小脉的一侧或两侧，半月形、线形、腊肠形或上端弯曲成钩形或马蹄形………………………………蹄盖蕨科Athyriaceae
34.孢子囊群无盖。
37.孢子囊群沿小脉分布，如为网状眼，则沿网眼分布。
38.植物体有灰白色的单细胞针状刚毛…………金星蕨科Thelypteridaceae
38.植物体不具上述的毛，或有疏柔毛或腺毛。
39.孢子囊有短柄，沿小脉着生。
40.孢子辐射对称；叶簇生或疏生，叶缘无毛或具柔毛…………………
………………………………………………裸子蕨科Hemionitidaceae
40.孢子两侧对称；叶远生，叶缘具密睫毛………………………………
………………………………………睫毛蕨科Pleurosoriopsidaceae
39.孢子囊有长柄，密集于小脉中部；孢子两侧对称………………………
……………………………蹄盖蕨科Athyriaceae (角蕨属Cornopteris)
37.孢子囊群不沿小脉分布。
41.孢子囊群生于叶边和主脉之间，在主脉两侧各成1条，并与主脉平行，或生于叶边的夹缝内。
42.叶为禾草形，不以关节着生于根状茎上；表皮有骨针状的异细胞；孢子囊群生于叶下面或叶边的夹缝内，有带状或棍棒状隔丝…………………
……………………………………………………书带蕨科Vittariaceae
42.叶不为禾草形，以关节着生于根状茎上；表皮不具骨针状的异细胞；孢子囊群生于叶下面，有具长柄的盾状隔丝或星状毛覆盖…………………
……………………………………………………水龙骨科Polypodiaceae
41.孢子囊群不与主脉平行，而为斜交。
43.叶柄基部以关节着生于根状茎上；叶草质至革质；孢子囊群表面生……
……………………………………………………水龙骨科Polypodiaceae
43.叶柄基部不以关节着生于根状茎上。
44.单叶，通常为披针形，近肉质；孢子囊群稍下陷于叶肉中，斜跨网脉
…………………………………………………剑蕨科Loxogrammaceae
44.一至三回羽状复叶，草质；孢子囊群不下陷于叶肉中，沿小脉着生。
45.植物遍体有灰白色针状刚毛，无鳞片，如有少量鳞片，则常生有同样的刚毛………金星蕨科Thelypteridaceae(茯蕨属Leptogramma)
45.植物体有鳞片。
46.孢子囊有短柄，疏生于小脉上；孢子辐射对称…………………
…………………………………………裸子蕨科Hemionitidaceae
46.孢子囊有长柄，密集于小脉的中部；孢子两侧对称……………
……………………蹄盖蕨科Athyriaceae(角蕨属Cornopteris)
20.孢子囊群不聚生成圆形、椭圆形或线形的孢子囊群，而是一开始就密布于能育叶的下面；叶二型，偶有近一型，有不育叶及能育叶之分。
47.单叶，披针形，少为椭圆形，叶脉分离，平行；叶近二型，能育叶与不育叶近同型，略较狭…………………………………………………舌蕨科Elaphoglossaceae
47.一回羽状复叶或掌状指裂，如为单叶，则叶脉为网状；叶明显二型。
48.叶柄基部以关节着生于根状茎上，单叶或掌状指裂……………………………
……………………………………………………………水龙骨科Polypodiaceae
48.叶柄基部不以关节着生于根状茎上，叶为一回羽状复叶………………………
………………………………………………………………三叉蕨科Aspidiaceae
7.孢子异型；为水生或漂浮水面的小型草本，形体完全不同于一般蕨类（异型孢子蕨类Filices heterosporae）
49.浅水生（或湿生）植物；根状茎细长横走，叶在芽中为内卷，生于长柄的顶端，由4个倒三角形或扇形的羽片组成，成田字形；孢子果生于叶柄基部，包藏二至多数的孢子囊，其中大孢子囊和小孢子囊混生………………………………………………………………苹科Marsileaceae
49.水面漂浮植物，无真根或有短须根；单叶，全缘或为二深裂，无柄，二至三列（如为三列，则下面一列的叶常细裂成须根状，下垂于水中）；孢子果生于茎的下面，包藏多数孢子囊，每果中仅有大孢子囊或小孢子囊。
50.植物无真根；3叶轮生于细长茎上，上面二叶为椭圆形，漂浮水面，下面一叶特化，细裂成须根状，悬垂水中，生孢子果…………………………………………槐叶苹科Salviniaceae
50.植物有丝线状的真根；叶微小如鳞片，二列互生，每叶有上下二裂片，上裂片漂浮水面，下裂片沉浸水中，生孢子果…………………………………………………满江红科Azollaceae