雪拉比：凹凸岛 5级
梦幻：流星瀑布 5级 用布雷密球
超梦：天柱 40级
红水都：吉纳镇右侧水域 等级不等
蓝水都：方元地图随机遇到 40级 会逃跑，只有一只
魔幻兽（384）：双陆市附近海底 等级不等 会逃跑
海黄牙：海底洞窟（任务） 40级 最好抓了
废弃船附近（非任务） 等级不等
古拉顿：沙漠 等级不等
天王龙：天柱顶层（任务） 70级 将它催眠，用超力怪兽球就行了
斗士载入（非任务） 等级不等
火焰鸟：火焰近路 等级不等
极冻鸟：看看洞底层 等级不等
闪电鸟：地下新银业 等级不等
钢神柱：（任务）40级
冰神柱：同上
岩神柱: 同上
三神柱都会威力（格斗120攻 100命中），诅咒，原子力量。钢还会金爪，岩还会扔岩石，冰还会冰

刚进入游戏，必须先选择好主人公男女性别，如果你是选择的男，那么你的对手（也就是博士的孩子）就会是女，反之亦然。然后取好你喜欢的名字，就开始游戏了。
游戏一开始，主角在一辆卡车里，原来是刚搬家到这里，进家以后先上二楼，对着墙上的钟设定时间，由于游戏是采用的真实时间制，所以建议大家还是按照现实的时间来设定，没带表的时候看看时间也不错。
设好了后妈妈会让你去镇里逛逛，和新邻居们打打招呼，来到右边屋的二楼，会见到主角以后的对手，然后出门往下，就会看到博士的研究所，进去发现博士不在，出门后发现上面有动静，上去后发现博士正被一只ポチエナ追赶，地上放着一只博士的背包，博士看见主角赶到，叫主角从背包里拿出一只妖怪来打倒ポチエナ，三只妖怪的属性分别是草，火， 水，进化后火的属性会变为火和格斗，水的属性会变为水，地，草系不变。主角挑选了一只，轻而易举的打倒了敌人。救了博士随他一起回到了研究所，博士为了感谢把刚才挑选的那只妖怪送给了主角，并拜托主角去103号道路把他的孩子叫回研究所。
出了研究所往上走，来到了コトキタウン镇，在这里可以补充一下体力，与商店门口的人对话还会得到伤药。补充好体力后向上走，来到了103号道路，博士的孩子果然在草丛里，上前与他对话，但他为了看看主角的实力执意要与主角决斗，于是战斗开始。博士的孩子手中的妖怪属性是克制我方选择的那只妖怪的，不过好在现在等级都低，并没有本属性的攻击技能，所以也是只稍微费了点力就打败了对手，对手战败后只得听从主角的话，回研究所去了。
回到研究所，对手已经在那里了，博士为了感谢主角，赠送了一台图鉴给主角，而对手也为了感谢主角带信，也赠送了主角5个精灵球，现在就可以捉妖怪了。
出了研究所来到家门口，发现母亲在门口，与她对话会获得加速鞋（按住B键移动速度会变为正常的2倍），然后就可以正式开始冒险了。到了コトキタウン镇往左走，通过102号道路来到了トウカシティ镇，路上有不少的训练员，可以趁此机会练练级。トウカシティ镇是第一个有GYM会馆的城镇，不过这里的首领却说主角是新手，等主角得到4个徽章后再来挑战，并派了一个小毛孩教主角如果捉妖怪（汗~~）教完后出镇往上走，会遇见水之团（红宝石则是熔岩团，后面以此类推）的人，两句不和对方向主角发起了攻击，不过他的妖怪实在是太菜，很容易就解决掉了，解决后水之团的人逃跑了，问一下旁边的人他会送你一个超级球，在现阶段算是比较高级的道具了。
往上走通过一座桥到了カナズミティ市，在这里记得仔细调查一下民居，有一位老人会送给主角1号秘传机器いあいぎり（居合斩），在市里的学校老师还会送给主角先行攻击的道具。都得到后来到了这个市的会馆，这个会馆是岩石系的，开始选择妖怪如果是水和草就只需要练到会本系的招数就可以通过了，如果是选择的火系的妖怪就必须练到第一次进化，进化后学到格斗系的招数，不但不被克了还反克了岩石系，轻松的就过了。打过后会馆首领会送主角39号技巧机器（岩封）和岩石徽章，有了岩石徽章就可以在平时使用居合斩来砍树了。
过了会馆后往左走，会发现水之团的人把一个人的东西偷走了，那人委托主角帮他追回失物，往右追了一会看到一个山洞，洞外站着一位老人，他告诉主角他的爱宠也被水之团的人抢去了，进去打败了水之团的人，救出了老人的宠物，水之团的人把偷来的道具也给了主角。拿着道具出了山洞，回到カナズミティ市会有人带你到了一座房子里，失主为了感谢主角就送给了主角一个口袋工具，还送给了主角一个超级球，不过也要主角帮个忙，就是帮他们送一封信。往下走正要走出カナズミティ市的时候碰到了对手，他告诉主角刚才有一位老人和一只宠物往下走了，主角继续往下走来到了老人的家，老人为了感谢答应送主角到河道对面，于是乘着老人的船来到了ムロタウン镇。
来到了ムロタウン镇后发现这里有会馆，于是就进去挑战了，这里的会馆是格斗系的，如果有飞系的妖怪或者招数将会很轻松，如果没有就有点难度了，因为大部分的敌人攻击都挺高的。打败了首领后它会送你08号技巧机器（加强）和格斗徽章，有了格斗徽章就能在平时使用闪光来照明了。出了会馆往上会来到个一个山洞，在里面会得到05号秘传机器（闪光），并且找到了カナズミティ市委托你找的人，对方会送给主角47号技巧机器（钢之翼），然后便消失了（如再回到カナズミティ市委托你送信那个人那里，他会给你学习机器）。
到码头再问下老人，选第二项便船便会开到了カイナシティ市，进入城市后发现有许多水之团的人聚集在博物馆门口，现在进不去，于是就先到了右下方的船工厂与里面的人对话，对话完后出来发现博物馆门口的人没有了，于是就进去看看，进去后买了50元的票后与第一个水之团的人对手，他会送给你46号技巧机器（偷窃），然后到二楼，到二楼后会发现水之团的人来偷东西，于是战斗开始，解决后水之团的人全体逃跑了。这时出门往上走，会发现先堵在上面的水之团成员也消失了，于是往上面进发，在上面会看到一个忍者的小屋，里面有不少好道具。得完后出门往右走，又会遇到对手，这次与她对话后开战，这次她的实力不凡，妖怪也进化了，击败她后她送给了主角一个宝物探测器，可以发现隐藏的宝物。继续往上来到了キンセツシティ镇，在镇上商店的右边民居里会得到06号秘传机器（碎岩）。再到镇上的自行车店，会得到自行车，自行车有两种，一种是按着B键可以跳的，一种是如果不撞到东西就会跑的飞快的，不过建议还是用可以跳的那种，因为后面有些地方必须要这种自行车才能跳过。
选择好自行车后来到了镇上会馆，门口站着先在トウカシティ镇教主角捉妖怪的哪个人，他要与主角决斗，不过不一会就败下阵来了。打败他后进入会馆，这个会馆以电系的居多，所以使用地系招数比较好。打败首领后得到了34号技巧机器（电击炮）并且也得到了徽章，有了这个徽章就可以在平时使用碎岩了。
打完会馆后向上面走，途中112号道路有沙漠，现在还不能进去，于是往左走，上了一个阶梯之后发现水之团的人在缆车站的门口守着，现在也进不去，继续往左过了一个山洞，来到113号道路，这里飘着大雪，再往左走就来到了ハジツゲタウン镇，在镇上补给一下后往左走，会来到一个山洞，山洞里熔岩团和水之团正准备火拼，不过看到主角来了后却都散了。等他们走后继续往下走，会发现又回到了カナズミティ市，然后去原来解救那位老人宠物的哪个山洞，会发现里面有两个人，不过他们被岩石隔开了，这时用碎岩技能打碎石头，那个男的就会送给主角04号秘传机器（怪力）。
然后会到缆车站，会发现没有人拦路了，于是坐缆车上行，会看到熔岩团的人和水之团的人正在大火拼，往左上走点会和水之团的首领发生战斗，打赢后熔岩团的人会向主角道谢，然后两个团的人都走了。然后调查地上的装置，得到陨石。
得到陨石后往下走，发现刚才被挡住的路现在通了，于是就往下前进，这里的楼梯只有用自行车的跳跃方式才能向上，多跳几次得完了道具后便来到了フエンタウン镇，这里的是个温泉胜地，与温泉前面的老奶奶对话她会送给你一个蛋，孵出来会是LV5的小忍耐兽。补充下道具后就往会馆前进了，这里的会馆是火系的，到现在大家应该会有一只水系的妖怪吧，用水系或者地系来打都非常有效。打败首领后她会送你50号技巧机器（燃烧殆尽）这招是火系招数，威力有140，不过使用后自己的特攻会下降一级，不适合经常用；并且还得到了火系的徽章，可以在平时使用怪力术了。
这时已经凑齐了4个徽章，就可以回到トウカシティ镇了，到了镇上的会馆，通过一层一层的门来到了会馆首领的面前，打败它后会得到徽章，有了这个徽章就可以使用乘浪了。出会馆门后去会馆左边的房子，里面的人会给主角03号秘传机器（乘浪）。
来到キンセツシティ镇，在往边走一直走到河边，然后使用乘浪来到119号道路，在119号道路的最上方有一座大厦，里面的科学家正被水之团的人劫持，主角见义勇为的打倒了坏人，水之团又再一次落败了，科学家为了感谢主角，送了一只25级的ポワルン给主角。
解决完后往右走来到了ヒワマキツティ镇，但这里的会馆不知怎么的进不去，被什么无形的东西挡住了，没办法，只好继续往下走。往下走遇到了对手，再一次打败他后得到了2号秘传机器（飞天），继续下行，在桥上遇到了一个人，他给了主角喷雾剂，能使挡路的变色龙恢复本来的样子，拿着这个道具再回到ヒワマキツティ镇的会馆，使用这个道具，挡路的变色龙便会现出原形了（最好是收了，变色龙没野生的）进去后打败了会馆首领，并取得了徽章，有了这个徽章就能在平时使用飞天了，再也不用辛辛苦苦到处跑东跑西了。
通过了120，121道路到达了ミナモシティ市，这里有最大的百货大楼，在这里补充好道具，收集好情报后然后到122号道路中央的小岛上，先在岛的内部得完所有的道具，然后再到外部去解救被水之团包围的一对老夫妇，击退水之团后老夫妇会送给主角一件道具。
然后到カイナシティ市的码头，会发现潜水艇被水之团盗走了，于是主角追到了ミナモシティ市右边海滩的上方，发现了水之团的基地，当追到最底部时发现潜水艇已经开走了……（注意在基地里可以得到大师球，一定要仔细找，是4个球放在一起的，其中两个是顽皮弹）
主角通过127，128号水道来到了トクサネシティ镇，在这里有第七个会馆，这个会馆是超人系的，会馆的首领是双胞胎，所以与首领对战的方式也是2V2，在开战前一定要把第二只妖怪设定好。在解决他们后会得到超人系徽章，并且可以在平时使用潜水了。出道馆后在镇的左上方民居里会得到08号秘传机器（潜水）
然后到127号，128号水道，看见是深蓝色的区域就使用潜水，如果是潜到了ルネシティ镇就记住位置，先不进去，直到潜到进入一个山洞后有个潜水艇的地方就对了，进去后里面回游大量的水之团成员，一路打倒不少人后来到最里面，会发现水之团的首领（蓝宝石）或是熔岩团的首领（红宝石）和传说中的神兽，红宝石则是グラードン，蓝宝石则是カイオーガ。但因为神兽发怒将整个海底山洞破坏了，神兽也不知去向，而且天空中也下起了大雨（蓝宝石版是下雨，红宝石版是刮沙尘暴）
随后赶到ルネシティ镇，会发现神兽逃到了镇里的山洞里，在山洞中随便还拿到了07号秘传机器（攀瀑布），最后到了洞的最深处，与神兽交战，大战一场后终于将它收入球中，这时大陆上的天气也恢复了正常。
出山洞后镇上的会馆也开门了，进去解决掉最后一个会馆，相信有神兽的力量应该是非常简单的吧~~。打败首领后得到了最后一个徽章，并且攀瀑布也能在平时使用了。
最后到128号水道，使用攀瀑布サイュウシティ镇，通过冠军之路来到了四大天王这里，这次的四大天王实力不凡，等级高不说，能力都十分的强，第一次打之前一定要做好充足的准备，在打完四大天王后会和上届的冠军交手，结果没想到竟然是屡次给主角帮助的人（就是给主角喷雾剂，有时还给秘传机器那人）打败他后主角成为新的冠军，并且把自己的队伍存入电脑，做为纪念代
在看完通关画面进入游戏，在主角家里会得到一张船票