第一话

太一等人的冒险已经过去三年——
高石武搬到了御台场，今天是他小学五年班的第一天，他在上学途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅、八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，进入了数码世界。亚古兽不能进化，他们被迫躲到山洞里，发现了一个有勇气纹卡图样的东西。太一走过去，就有三道光射出，原来分别是大辅、阿京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的拍档V仔兽也诞生了。V仔兽让大辅叫“数码装甲升级！”使自己武装进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的邪恶环，使其恢复善良。战斗结束后，太一将自己的太阳眼镜给了大辅。

第二话

阿京和伊织决定第二天去数码世界。当天晚上，太一等人商量着去数码世界，但美美去了美国，阿和与阿丈都没空。第二天，众人一进入数码世界，就遭到操纵着邪恶环的暴龙改造者的袭击。大辅与V仔兽被捉去。众人来到一座山上的建筑物里，发现了爱和智慧的装甲。阿空和光子郎拔不起来，便引导阿京和伊织去拔。装甲成功被拿起，阿京的拍档麻鹰兽以及伊织的拍档穿山兽诞生，分别用爱和智慧装甲进化成铁鹰兽和钢钻兽，救出了大辅并成功将被操纵的数码兽的邪恶环打碎。


第三话

阿京带来零食，除迪路兽外的四只数码兽都对其反应强烈。众人在等伊织的时候看电视，看到无论智力和体能都非常优秀的天才少年一乘寺贤。伊织来到后，大家准备进入数码世界。在数码世界里，暴龙改造者用邪恶环控制同种数码兽，让它们打斗来取乐。突然，他的暴龙机有了反应，便骑着巨龙兽去攻击大辅他们。在战斗中，暴龙改造者利用以多打少并集中进攻不能进化的巴达兽和迪路兽的战术占上风。于是伊织和阿武、小光去找数码装甲。他们找到以后，阿武和小光的暴龙机自动升级成新型暴龙机，并拿起希望和光明的装甲，使巴达兽和迪路兽分别武装进化成天马兽和尼菲迪兽，合力将所有巨龙兽的邪恶环打碎。


第四话

加布兽打算逃跑，被发现而被红鼻屎兽痛打，被打下山后发出求救信号。阿和等人接到信号后立即去数码世界，打算救回被捉的数码兽。途中大辅多次想战斗都被众人阻止，后来更因为说他姐姐讨厌而被所有人批评，搞得大辅很没有信心。V仔兽为了使大辅重新振作决定于红鼻屎兽战斗，因为不敌而被它痛打。突然，暴龙改造者建造的黑暗塔被红鼻屎兽不小心打裂，加布兽立即进化成加鲁鲁兽。大家于是打倒黑暗塔，控制红鼻屎兽的邪恶环就失效了。大家明确了目的——打倒黑暗塔解放地域。


第五话

暴龙改造者命令基刹兽攻击歌玛兽，歌玛兽发出求救信号。同时，伊织要练习剑道不能去数码世界。其他人与收到信号的阿丈就准备去数码世界营救歌玛兽。伊织由于练习时不专心被允许请假。当他赶到时，穿山兽非常不高兴。众人造了雪橇准备破坏黑暗塔，却被雪人兽拦截，伊织掉下河中，被迫休息。阿丈留下照顾他，其他人去破坏黑暗塔。暴龙改造者派贝壳兽和龙虾兽攻击伊织和阿丈，就在危机关头黑暗塔被破坏，歌玛兽进化成海狮兽打败了敌人。


第六话

今天是黄金假期，众人决定去数码世界野餐。正要出发时刚从美国回来的美美进来了。于是大家约美美一起去野餐。野餐时麻鹰兽因为追被穿山兽丢得很远的寿司而和阿京与大家失散了。美美去找阿京，却掉进了暴龙改造者的领地，被阿京和麻鹰兽叫醒。突然，被邪恶环控制的怪蛙兽和蝌蚪兽追赶，幸亏被巴鲁兽救下。正当好朋友相聚的感人时刻，美美说出她是来野餐的，巴鲁兽很不高兴。暴龙改造者派出蟑螂兽兄弟攻击她们，美美利用蟑螂兽的攻击打裂了黑暗塔，巴兽兽进化成仙人掌兽，与铁鹰兽一起打倒了黑暗塔。


第七话

大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，由于体力不足被迫回去。但是一只守卫兽在小光进入之前打烂了电视。大辅与阿武决定回数码世界救小光。巴达兽在地域外进化成天使兽，但在进去后又退化了。大辅很生气，硬要V仔兽进化成超级天使兽。当他们发现小光时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不够打。后来，安杜路兽分别认出大辅带着的太一的太阳眼镜、太一和小光，使邪恶环的力量消失。众人回去后，见到光子郎，得知新型暴龙机叫D-3。


第八话

大辅的足球队要与天才少年一乘寺贤的足球队比赛。上半场一乘寺贤没有来，大辅攻进一球，以1：0领先。下半场一乘寺贤出场，以超乎寻常的能力攻进9球，但最后一球被大辅奋力铲下，但铲伤了一乘寺贤的右脚。到了数码世界，除大辅外所有人突然神秘消失，暴龙改造者用大辅的同伴威胁大辅，让他下跪并让V仔兽踩他的头。后来阿武他们赶到，原来那些人质是假的。大辅非常气愤，便单独冲上去将暴龙改造者打了下来。突然大辅注意到暴龙改造者的右脚有伤，他也亮出底牌——他就是一乘寺贤！


第九话

暴龙改造者看自己接受采访的录象，觉得很讨厌。于是他决定一直留在数码世界研究。大辅他们找到一乘寺贤的地址，却发现他已失踪，于是立即去数码世界。他们遇到火焰兽，很辛苦终于打败了它们。但是暴龙改造者将邪恶环带在太一的暴龙兽上，并使用黑暗进化！丧尸暴龙兽出现，并以压倒性力量打倒所有数码兽。最后因体力不足而退化，又被暴龙改造者捉走了。


第十话

众人来到电脑室，阿京因为恐惧被大家劝而留在电脑室。同时，暴龙改造者不断让暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，来检测邪恶环的缺点。大家打败朽木兽后得知暴龙改造者的位置。同时，暴龙改造者终于发现邪恶环的缺点，进而研制出邪恶螺旋环，却发现亚古兽被虫虫兽放走。太一等人遇到亚古兽，但在即将离开时被暴龙改造者攻击。暴龙改造者更将邪恶螺旋环套在亚古兽身上，将其进化成机械暴龙兽（蓝）。太一由于不愿亚古兽受伤而阻止大家攻击错失良机，暴龙改造者以其强大的攻击力打倒了数码兽们，并带走了机械暴龙兽。


第十一话

大家继续前进，太一让大家要尽全力攻击机械暴龙兽，大辅不解，太一告诉他打架可以增进友情，他就更不解了。他们发现友情的装甲，于是尝试拔起来，没有人成功。突然黄蜂兽攻击他们，并捉走巴达兽。暴龙改造者出现并想将邪恶螺旋环套在巴达兽身上，幸好加鲁鲁兽出现，救下巴达兽。众人便向机械暴龙兽展开攻击，只有大辅始终不敢攻击，V仔兽被迫退化。最后，大辅觉醒，使友情装甲自动飞到大辅手里，V仔兽武装进化成雷狼兽，与大辅一起作战，终于将机械暴龙兽的邪恶螺旋环打碎，亚古兽又回到了太一身边。


第十二话

巴多拉兽被飞龙兽追击，发出求救信号，阿空收到求救信号后立即用电子邮件通知其他人，但阿武正在睡觉而小光和迪路兽去散步，没有收到。其他人与阿空一起去数码世界。他们在西部镇遇到自称正义守护者的五角星兽，后来却发现它其实戴了邪恶环，所有人被它捉住，发现比丘兽也被捉了。趁五角星兽出去时，自称正义使者的左轮兽出现，但被众人怀疑。证实了其实他没被戴邪恶环后，他救了阿空和阿京去和它玩牌。五角星兽回来后决定与左轮兽决斗。穿山兽吃了它的便当回复体力武装进化冲出牢房。最后烈焰兽打败了五角星兽，并发现了黑暗塔。后来五角星兽和左轮兽不让他们走而要一起玩牌。


第十三话

小光在上课时突然感到置身于大海。阿武发现小光正在消失，大喊她，老师就叫小光去保健室。阿武下课后发现小光不在保健室，就去找她，找到后对她太依赖哥哥很生气而大声斥责。迪路兽发现小光在过马路时突然消失，大辅以为她在数码世界，阿武则去海边找她。小光在一个奇怪的世界的山洞里发现了被邪恶螺旋环控制的奇蛙兽，突然被飞龙兽袭击。阿武终于来到那个世界，打烂了一座黑暗塔，发出的光使迪路兽进化成天女兽，打败飞龙兽并解放奇蛙兽，然而它们不是真的奇蛙兽，它们想让小光帮它们生养后代。天女兽出手攻击，使它们知难而退。


第十四话

光子郎正在电脑室思索小光的事，突然发现美国的数码大门打开了，立即通知美美。大辅他们来到餐厅吃饭，却没有美金。老板蛋蛋兽要他们用劳力代替。阿武想起它就是三年前逼阿和与阿丈工作的蛋蛋兽。美美和一个叫米高的人来到付帐。蛋蛋兽说自己改邪归正，除阿京外所有人都相信它。突然金刚兽来攻击他们，蛋蛋兽奋力挡住攻击，弹出很远。米高的搭档比特兽进化成海龙兽还有仙人掌兽弄掉邪恶螺旋环。突然蛋蛋兽掉下来，并攻击大家。美美坚信它是被控制的，使阿京终于忍不住说出自己原来就怀疑蛋蛋兽。纯真装甲突然出现，使麻鹰兽武装进化成忍者兽，终于发现并打碎了蛋蛋兽的邪恶螺旋环。


第十五话

众人发现暴龙改造者的地域越来越大，于是立即进入数码世界。在怪蛙皇的城堡区域，大家被受到控制的花拉兽和蘑菇兽攻击，忍者兽更遇到对手忍者豆豆兽（伊贺兽）。后来忍者豆豆兽往怪蛙皇身上套邪恶螺旋环，并向忍者兽下挑战书。众人利用怪蛙皇的攻击打碎黑暗塔，然后将其打得睡过去。忍者兽战胜清醒了的忍者豆豆兽，回来商量对策。大辅提议将套有邪恶螺旋环的鞭子砍掉，遭到谴责……最后大家一起攻击，终于将邪恶环打碎。但是，暴龙改造者却毫不关心……


第十六话

众人由于发现装甲而被受到控制的超海龙兽困在海底。由于空气有限，大家让伊织坐紧急脱出小艇去叫阿丈来救他们。伊织碰到爷爷，因为不想说出出去的原因，爷爷就教育他不要说谎。阿丈在考试，伊织被迫说谎让阿丈出来，自己的良心受到谴责。到了数码世界，大家让伊织拿起刚找到的装甲，伊织不肯。在阿丈的鼓励下，伊织最终拿起装甲，让穿山兽武装进化成潜鲨兽，与海狮兽一起打碎了超海龙兽的邪恶螺旋环。事情结束后，潜鲨兽带伊织参观海底。


第十七话

今天是八月一日，是阿武等人第一次去数码世界的日子，十一个被选中的小朋友聚在一起纪念这个难忘的日子。在电视台，在剪辑录象带时经常发现黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃饭，听到他爸爸说起这件事。第二天，电视台工作人员依然发现同样的情况，并且不断有人叫迪路兽的名字，同时光子郎发现只要有D-3暴龙机，任何一台电脑都可以打开数码世界大门。八月三日，大家来到电视台前，迪路兽突然感觉到一些东西，于是大家进了电视台。黑影终于现身，他就是三年前的今天为保护迪路兽和小光而牺牲的巫师兽的灵魂。他留下了“发出善良的黄金光辉”的信息以后，就离开了。


第十八话

光子郎和伊织发现暴龙改造者的基地，大家决定依靠太一等人的帮助，利用一起去郊游的假象掩护下一举打倒暴龙改造者。阿京因为非常紧张，到了数码世界以后神经非常兴奋，暴龙改造者的基地从原来的位置消失了，阿京下去侦察时不小心被蜘蛛兽袭击，麻鹰兽为救她而受伤。阿京非常后悔，于是小光留下来陪她照顾麻鹰兽，其他人去找暴龙改造者基地。晚上，当麻鹰兽的伤好了以后，小光和阿京发现了正在天上的暴龙改造者移动基地。


第十九话

阿武和伊织一大早去侦察发现暴龙改造者基地。暴龙改造者亲自到黑暗漩涡里取黑暗系数码兽的数据。阿武和伊织在基地里看到漩涡里的恶魔兽，使阿武想到三年前天使兽用生命封印恶魔兽的事，决定与暴龙改造者决战。暴龙改造者在取数据时，恶魔兽对他说他不能控制强大的黑暗力量。他取完数据后完成他的原创数码兽——基米拉兽。基米拉兽可以说是全能的数码兽，小光她们不是对手。阿武耻笑了暴龙改造者后与他打架，在发现基米拉兽后乘天马兽与大家一起撤退。


第二十话

基米拉兽到处破坏，暴龙改造者的基地就跟在后面。大辅他们利用火焰的掩护进入基地，准备破坏动力室。暴龙改造者叫基米拉兽回来攻击大辅他们。它强大的攻击力即使避过攻击仍然会被气浪弹开。很快，数码兽就退化了，而且大辅、阿京、伊织的数码兽退化成幼年期。暴龙改造者十分惊奇，命令基米拉兽停止攻击。众人趁机去动力室，暴龙改造者又叫基米拉兽攻击，它却没有听从而离开了。虫虫兽为了使暴龙改造者恢复善良，带大辅进入动力室。原来动力室是由奇迹装甲为动力的。它的光辉不但使豆丁兽立即进化成V仔兽，更自动落到大辅手里，V仔兽进化成金甲龙兽，放出奇迹的光辉。


第二十一话

圣骑士型的金甲龙兽出现，使基米拉兽察觉并返回。两兽展开激烈的对决，虫虫兽则不停地劝暴龙改造者变回善良。后来，金甲龙兽能量消耗过多，全身没力。虫虫兽在尽最后一次努力劝暴龙改造者后，用自己的生命力注入金甲龙兽，终于消灭了基米拉兽。当暴龙改造者明白数码兽都是有生命的时候，才知道自己是错误的，变回了一乘寺贤。虫虫兽死了，使一乘寺贤非常伤心。大辅的姐姐来到营地，大辅他们刚刚好回来，便一起回家了。


第二十二话

大辅与阿武打篮球，小光为阿武加油，而大辅却出洋相。巴达兽则与迪路兽跳舞。大家来到数码世界开始重建数码世界，大辅与V仔兽希望与小光和迪路兽感情更好些，于是大辅要求V仔兽进化成成熟期。他让鼻涕兽与红鼻屎兽扮成敌人，希望V仔兽能为了救他而进化，但是失败了。后来他们遇到多达兽，被他追击。就在千钧一发之际，V仔兽终于进化成V仔兽EX（XV-MON），打败了多达兽。


第二十三话

一乘寺贤躺在床上想以前的事。他原来有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，暴龙机突然来到这里，哥哥就把它放在一边。阿贤因为好奇而拿出来，就进了数码世界。出来后，哥哥很生气，勒令他不能拿。哥哥死后，他收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他拿那个暴龙机。他来到了黑暗海，使暴龙机变成黑暗装甲暴龙机。阿贤醒来，并到了数码世界的开始之镇，被幼年数码兽责骂，触动了他善良的心。善良纹卡发光，一个蛋也有响应。阿贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期——绿叶兽诞生了。


第二十四话

伊织无法原谅一乘寺贤。而一乘寺贤因为父母非常高兴而吃了很多饭。晚上，一个神秘的女子突然出现在阿贤的房间里……第二天，当V仔兽和巴达兽试图进化时都失败了，阿武怀疑是黑暗塔的功能再次启动。突然伊织被身上无邪恶环和邪恶螺旋环的闪电球兽袭击，穿山兽突然进化成战甲兽，大家非常奇怪。后来，一只神秘的数码兽出现救下伊织并杀死闪电球兽，原来他是虫虫兽进化而成的。伊织通过这件事发现了一些东西……
由于资料残缺，第二十五和二十六话待站长找到资料以后再补充