第一集 勇气的继承者

太一等人的冒险已经过去三年了——高石武搬到了御台场，今天是他上小学五年级的第一天，他在上学途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅和八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，然后他进入了数码世界。亚古兽不能进化，他们被迫躲到山洞里，发现了一个有勇气徽章图样的东西。太一走过去，就有三道光射出，原来分别是大辅、小京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的搭档V仔兽也同时诞生了。V仔兽让大辅叫“数码装甲升级！”使自己装甲进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的邪恶环，使其恢复本性。战斗结束后，太一将自己的太阳眼镜送给了大辅。

第二集 数码世界大门打开

小京和伊织决定第二天去数码世界。当天晚上，太一等人商量和大家去数码世界，但美美去了美国，阿和与阿丈都没空。第二天，大家一起进入了数码世界，不久就遭到操纵着邪恶环的暴龙改造者的袭击。大辅与V仔兽均被捉去。大家来到一座山上的建筑物里，发现了爱心和知识的装甲。小空和光子郎拔不起来，便引导小京和伊织去拔。装甲成功被拿起，小京的搭档麻鹰兽以及伊织的拍档穿山兽诞生，分别用爱心和知识装甲进化成铁鹰兽和钢钻兽，救出了大辅并成功将被操纵的数码暴龙们的邪恶环打碎。

第三集 装甲进化

小京带来零食，除迪路兽外的四只数码暴龙都对其反应强烈。大家在等伊织的时候看电视，看到无论智力和体能都非常优秀的天才少年一乘寺贤。伊织来到后，大家准备进入数码世界。在数码世界里，暴龙改造者又用邪恶环控制同种数码暴龙，让它们打斗以此来取乐。突然，他的黑暗暴龙机有了反应，便骑着巨龙兽去攻击大辅他们。在战斗中，暴龙改造者以多打少，集中进攻不能进化的巴达兽和迪路兽的战术占上风。于是伊织和阿武、小光去找数码装甲。他们找到以后，阿武和小光的暴龙机自动升级成为新型暴龙机，并拿起希望和光明的装甲。巴达兽和迪路兽分别装甲进化成天马兽和尼菲迪兽，合力将所有巨龙兽的邪恶环打碎。

第四集 黑暗之王，暴龙改造者

加布兽所在的区域也受到了邪恶环的影响，结果它被抓住关了起来。正打算逃跑，却被发现而被红鼻屎兽痛打，跌下山后加布兽发出求救信号。阿和等人接到信号后立即去数码世界，打算救回被捉的其它数码暴龙。途中大辅多次想战斗都被大家阻止，后来因为说自己姐姐讨厌而被大家批评，搞得大辅很没有信心。V仔兽为了使大辅重新振作精神，决定于红鼻屎兽战斗，因为不敌而被它痛打。战斗中暴龙改造者建造的黑暗塔被红鼻屎兽不小心打裂，加布兽立即进化成加鲁鲁兽。大家于是打倒黑暗塔，控制红鼻屎兽的邪恶环就失效了。大家明确了目的——打倒黑暗塔，解放被封印的区域。

第五集 打倒黑暗之塔

暴龙改造者用暴利逼迫哥玛兽所在区域的基刹兽为它建造黑暗之塔，哥玛兽阻止却被围攻。于是它发出求救信号。因为伊织要练习剑道不能去数码世界，阿丈和其他人准备去数码世界营救哥玛兽。伊织由于练习时不专心被爷爷发现，并最终得到请假。当他赶到时，穿山兽非常不高兴。大家造了雪橇准备去破坏黑暗塔，却被雪人兽拦截，伊织掉下河中，被迫停下休息。阿丈留下照顾他，其他人去破坏黑暗之塔。暴龙改造者派贝壳兽和龙虾兽攻击伊织和阿丈，就在危机关头，大辅等人破坏了黑暗之塔，哥玛兽进化成海狮兽终于打败了敌人。